Diilhami oleh masyarakat yang mencita-citakan adanya pendidikan modern di Trenggalek yang mantap, positif dan berkualitas dan terhindar dari pengaruh negatif , maka disepakati berdirinya Pondok Pesantren Modern Raden Paku Trenggalek yang sementara menempati gedung STIT Sunan Giri Trenggalek. Dimulai dari jenjang pendidikan Madrasah Tsanawiyah, selanjutnya didirikan Madrasah Aliyah dan berlanjut ke Perguruan Tinggi yang sudah ada.

Pondok Pesantren Modern Raden Paku Trenggalek adalah lembaga pendidikan islami yang menerapkan tiga kurikulum pendidikan yaitu kurikulum salafi sebagai dasar akidah, pembinaan akhlaq dan pembelajaran ilmu alat, kurikulum Pondok Modern diterapkan dalam bidang pengajaran bahasa, disiplin dan keorganisasian, sedangkan kurikulum Departemen Agama diterapkan sebagai pendidikan formal.

Dimotori oleh tokoh-tokoh ulama, pakar pendidikan, pengusaha dan tokoh muslim yang lain disusunlah panitia yang dinamai Pengurus Yayasan Pendidikan Islam Raden Paku Trenggalek, dengan Akte Notaris No. 6 Tgl. 9 Nopember 1995

Adapun susunannya adalah sebagai berikut :

Ketua Yayasan : Drs. H. Imam Daroni, MM

Sekretaris : Drs. H. Syafi’i, M.H.I.

Bendahara : Drs. Wagiman

Anggota : Drs. A. Badawi Irfan

MTs Plus Raden Paku Trenggalek, mulai di buka sejak 15 Juli 1998. Setelah diadakan penilaian oleh pihak yang berwenang, maka keluarlah piagam pendirian madrasah swasta tertanggal, 30 September 1998 dengan nomor stastistik (NSM) : 212350311019

Jumlah siswa tahun pertama 30 siswa, dan tahun kedua mencapai dua kelas sebanyak 84 siswa.

Dari periode tahun ke tiga dan seterusnya sampai dengan sekarang jumlah siswa yang masuk di MTs Plus Raden Paku selalu parallel tiga kelas.

Pada tahun 2000 diadakan penilaian oleh Departemen Agama dan memperoleh piagam Jenjang akreditasi Diakui yaitu pada tanggal 20 Oktober 2000 dengan Nomor : Wm.06.03/PP.03.2/876/2000,

Selanjutnya madrasah kami terus mengadakan peningkatan baik Kualitas maupun kuantitas madrasah sehingga pada tahun 2005 madrasah kami berhasil meraih Jenjang Akreditasi A (unggul) setelah diadakan penilaian oleh tim akreditasi madrasah baik dari Kandepag Kab. Trenggalek maupun dari Tim Akreditasi Madrasah Kanwil Depag Jawa Timur yaitu pada tanggal 8 Juni 2005 dengan Nomor SK : Kw.13.4/4/PP.03.2/1381/SK/2005